Il primo nucleo abitato di Scilla risale all’epoca della distruzione di Troia, la città omerica assalita dagli Achei. In quest’epoca remota gli esuli troiani avrebbero fondato solo qualche villaggio eleggendo come area privilegiata d’insediamento il sito adiacente la rupe centrale scillese, dove la presenza dei numerosissimi scogli agevolava la pratica della pesca, consentendo al tempo stesso la costruzione delle rudimentali capanne.

Per i pirati tirreni gli innumerevoli scogli e l’alta rocca caratterizzanti la costa scillese costituivano un rifugio naturale ideale, luogo inaccessibile da cui dirigere redditizie scorrerie lungo le coste del nostro mare, dove incrociavano le navi del fiorente traffico mercantile dell'epoca. Inoltre il luogo era un  nascondiglio sicuro per il bottino e baluardo di difesa contro eventuali controffensive nemiche.