Successivamente la Calabria, almeno in parte, venne sottratta ai barbari dai Bizantini, che riconquistarono le nostre terre all'Impero d'Oriente,  che diffuse nell’Italia Meridionale la  civiltà bizantina. In conseguenza l'organizzazione della vita sociale, secondo la legislazione giustiniana, le credenze religiose della Chiesa d'Oriente, gli usi, i costumi, la cultura, la lingua, diffusi in Calabria, improntarono  la vita sociale degli abitanti meridionali che si avviarono così a superare l'imbarbarimento determinato dalle invasioni.

A quell'epoca si godeva di un certo benessere, frutto degli attivi traffici commerciali con l'Oriente, che furono sospesi a causa, appunto, delle scorrerie saracene.

Pare che alcuni  frati, profughi da Messina occupata dai saraceni, avessero ottenuto dall'imperatrice Teodora di fondare un monastero sulla rocca fortificata di Scilla.

Essi abitarono, quindi, sulla rocca dove   costruirono il loro convento con annessa la Chiesa di San Pancrazio, poi distrutta dal terremoto del 1783.

L'opera di tali Monaci, che vennero detti Basiliani, anche se Basiliani non erano, fu, nei confronti del popolo scillese molto commendevole.

Essi appartenevano alla schiera dei Monaci italo-greci, che in Calabria fondarono molti monasteri, tanto da costituire delle vere "Laure".

Oltre all’incoraggiamento agli agricoltori scillesi, questi fraticelli compivano opera di civilizzazione del popolo, di istruzione religiosa, di assistenza caritativa per i bisognosi.

Da un diploma del Papa Onorio III, in data 5 luglio 1223 apprendiamo, che i Frati prestavano assistenza caritativa, continua ai marinai e ai naufraghi, dall'isola detta "Strofaria", esistente tra Scilla e Cariddi.

Per tale opera, il Papa li dispensava dal pagamento delle collette per la Terra Santa, delle decime sulle loro tenute che possedevano "intra insulani de Strofaria" nonché sulle elemosine erogate dai fedeli.

I barbari continuarono però a contrastare i Bizantini, i quali, divisi tra Oriente ed Occidente, non riuscivano sempre a proteggere le popolazioni calabresi, che, frequentemente, rimasero in balia degli invasori.

Così avvenne a proposito delle scorrerie dei Saraceni, i quali imperversarono sulle nostre coste ininterrottamente dal VII all'XI secolo.

Particolarmente feroce fu la scorreria del 1001, operata da Musa, emiro di Messina.

Egli, andando oltre le disposizioni date dal Califfo d'Africa nel nostro paese, fece arbitrariamente centoquarantasette schiavi e un bottino in danaro e oggetti preziosi, con i quali riempì dieci casse.

Alla feroce scorreria di Musa, seguì l'occupazione del 1033, che, per fortuna, non durò a lungo, poichè tre anni dopo, ad opera dell'imperatore Michele IV Plafagono, le nostre contrade tornarono ai Bizantini.

Questi ultimi però, nel 1060, dovettero lasciarle definitivamente, travolti dalla potenza dei Normanni. Questi nuovi invasori, guidati da Roberto e Ruggero il Guiscardo, sottomisero tutti i castelli di Calabria. Quello di Scilla però, fortificato, com'era, resistette a lungo.

Alla fine i Greci, che vi si erano asserragliati, consumate tutte le vettovaglie, dovettero arrendersi.

Roberto vi stabilì un presidio al comando di un tal Costa Condomicita, e Scilla divenne una loro piazza d'armi.

Inoltre, Ruggero sottopose la parrocchia al Sacro Romano Impero, sottraendola dalle dipendenze di Bisanzio per farla passare a quelle del SS. Salvatore di Messina.

Questi nuovi barbari, valorosi, scaltri e intelligenti, dovettero esercitare un forte ascendente sui Calabresi, forse perché essi combattevano contro i Saraceni.

Molti giovani, infatti, anche Scillesi, costituirono delle valide schiere che si coprirono di valore nella guerra condotta dai Normanni contro i Saraceni, i quali, per merito degli uni e degli altri, furono sconfitti.

Nel 1074 gli abitanti di Scilla ottennero dal Conte Ruggero grandi favori, privilegi e franchigie che li esentavano dal pagamento di qualunque tributo per i traffici commerciali.

Tali favori vennero confermati più tardi, nel 1412, da un  diploma concesso dal re Ladislao, e, nel 1421, ancora da un altro diploma della regina Giovanna.

E ancora dopo,  nel 1451, da parte di Alfonso d'Aragona: nel  nuovo diploma, a favore degli Scillesi, è fatta menzione dei due diplomi precedenti.

Nel 1104 Ruggero II concesse beni e immunità al monastero di San Pancrazio, elargendolo di grandi privilegi.

Frattanto, nel 1255, la rocca fu ancora fortificata da Pietro Ruffo conte di Catanzaro per ordine di Manfredi, succeduto a Federico. Per ordine di lui vi fu posto anche un presidio durante la guerra tra questi e Corradino.

Alla fine del dominio svevo, nel 1266, Scilla e il rimanente territorio divennero teatro delle lotte di predominio tra gli eserciti degli Aragonesi e degli Angioini, a causa della famosa guerra del Vespro.

Ed essendo Scilla piazza d'armi, dopo Reggio, fu il paese più devastato dalle imprese di tali eserciti. Ne conseguì un gravissimo impoverimento. Ma gli Scillesi non tardarono a ritornare ai loro traffici.

Durante le guerre del Vespro, i nostri antenati parteggiarono per gli Aragonesi e odiarono gli Angioini; tanto li ritenevano perversi da usare l'espressione "faccia i 'ngiuinu" per bollare persone non dabbene. In quel periodo sembra che i monaci di S. Pancrazio esercitassero l'ufficio di castellani.

Finchè, nel 1421, un De Nava, cavaliere ed armigero maggiore del sovrano Alfonso D'Aragona, fu investito della proprietà della rocca scillese: con vassalli, pertinenze e giurisdizioni, si dette inizio alle pene degli Scillesi.

 Il De Nava frattanto prese possesso della rocca e la trasformò in castello, crediamo dopo la partenza dei Frati, che si presume avvenuta non prima del 1424.

Ciò è provato dai documenti prodotti dai nostri antenati: nella causa intentata ai feudatari, risulta che i marinai scillesi ottemperarono alla prestazione del pesce-spada, nella quantità occorrente alla mensa dei Frati, fino all'anno 1424.

Secondo alcuni il De Nava si dichiarò abusivamente successore impossessandosi dei loro beni.

Questo castellano non solo trasformò il convento in castello, ma accrebbe le fortificazioni, sicché la rocca divenne un valido centro di resistenza.

Ferdinando II, morto Consalvo De Nava, confermò la castellania a suo figlio Gutterra, il quale nel 1485  partecipò, assieme al figlio alla Congiura dei Baroni ma l'anno successivo accusati entrambi del reato di  "fellonia" si videro sequestrare i beni.

Gli scillesi, frattanto, tornati ai loro traffici commerciali, non mancavano di chiedere la conferma dei privilegi, già ottenuti in precedenza, ai nuovi sovrani.

Li richiesero a Ferdinando il Cattolico, il quale li concesse in data del 29 settembre 1459, mediante un diploma che li confermava liberi ed esenti nell'esercizio dei loro negozi.

Altrettanto fecero con Carlo V, al quale non chiesero soltanto la conferma dei privilegi, ma persino il suo autorevole intervento presso il Feudatario, affinché diminuisse le aumentate pretese e si comportasse verso di loro con la stessa benevolenza usata dai predecessori Gutterra e Manunzia.