Per rendere più agevole la navigazione e il trasporto delle merci, nel XV secolo, avevano usato un nuovo tipo d'imbarcazione, le cosiddette "feluche", legni sottili con remi e vele latine.

Esse erano occupate da gente armata  che navigava in gruppo al fine di potersi meglio difendere dai probabili attacchi degli sciabecchi barbareschi.

 Alla loro insidia si aggiungeva, nel 500, quella dei Turchi che razziavano i paesi rivieraschi, seminando terrore tra le popolazioni.

 Per difendere gli abitanti delle città costiere, il vicerè, Duca d'Alcalà, ordinò nel 1563 che fossero costruite torri costiere.

Ciascuna di esse doveva essere in vista della seguente, in modo che costituissero una catena atta a segnalare la presenza dei razziatori.

Anche scilla ne costruì una slanciata, armonica, ornata con merli terminali. Oggi è ridotta a un rudere.

Il terrificante avviso giungeva ai cittadini per mezzo del suoni delle campane: "Allarmi, allarmi, la campana sona ... Li Turchi su 'rrivati a la marina."

Tutti lasciavano angosciosamente le case, nel più breve tempo possibile, mettendo in salvo se stessi e ciò che possedevano di più prezioso.

In questo periodo anche la peste fece la comparsa. Fu in questo periodo che Scilla dette inizio al grande culto per San Rocco, per la cui protezione gli abitanti si sentivano risparmiati.

Fu per  questo che il santo fu proclamato protettore del Paese.

Risale a questo periodo la fondazione delle confraternite di San Rocco e dello Spirito Santo.

Seguendo le varie fortificazioni della nostra rocca, ne riscontriamo un'altra compiuta dal nuovo feudatario Paolo Ruffo, quello stesso che si era reso benemerito impedendo lo sbarco, a Reggio, dell'armata del turco Barbarossa.

Nello stesso anno di tale evento, il 1533 egli acquistò, dal cognato Gutterra De Nava, il castello scillese.

Oltre che fortificarlo, per conto della Regia Corte restaurò il palazzo feudale, migliorò e abbellì il convento dei Frati che lo lasciarono, forse costretti dalle nuove situazioni all'epoca dell'inserimento dei De Nava, interrompendo perciò,  non certo volontariamente,  la loro benefica attività caritativa a favore degli Scillesi.

Il nuovo signore sostituì, con il proprio, lo stemma dei De Nava, ponendolo all'ingresso del castello, e vi appose una lapide con la seguente iscrizione:

Ad fidelitatem Caesari servandarn

Paulus Ruffus Sinopolis

Comes hanc arcem suo partam labore

exaedificavit et filio itidern tuendam

reliquit anno MDXLIII .

A Paolo Ruffo successe, nel 1595, la figlia Giovanna e a questa, nel 1630,  Francesco Maria, per passare poi, nel 1704, al figlio Guglielmo.

Nel XVII secolo una mozione a parte merita la nobildonna principessa Giovanna Ruffo tale non tanto per nascita ma per ciò che ella s'adoperò nelle istituzioni di valore sociale e il rilevante spirito di carità a favore del popolo scillese, tanto da ricompensare di tutto il male operato dai suoi antenati.

Attuò le disposizioni del nonno, don Fabrizio, che aveva istituito l'Ordine dei Padri Osservanti, e della madre, donna Maria, che, invece, aveva istituito quello dei Padri Crociferi.

Ed essa stessa istituì quello dei Cappuccini. Quindi ne costruì le relative case con annesso un appezzamento di terreno irriguo, perché i Frati lo coltivassero secondo le proprie necessità. 

Inoltre ella istituì un Conservatorio per le fanciulle orfane, che pure dotava; abbellì le chiese esistenti, e i loro  campanili  come si nota in qualche antica stampa del 600-700. Istituì  una farmacia perché dispensasse gratuitamente le medicine e un ospedale per i nullatenenti.

Di tali istituzioni dopo la morte della Principessa, rimasero soltanto le case degli Ordini religiosi, che però furono distrutte ad opera del terremoto del 1783.

Ricostituiti nel 1796, a causa delle nuove distruzioni del terremoto, anche questo disastroso, del 1908, i Frati superstiti furono costretti a lasciare definitivamente il Paese.

Dopo la fortificazione del castello del 500, operata dal nuovo feudatario, Paolo Ruffo ne seguì una nuova, a distanza di circa due secoli, ad opera degli Austriaci, allorquando, in forza del trattato dell'Aia, venne attribuito a loro il Regno Meridionale.

Essi allora si affrettarono a fortificare i punti strategici più in vista, come il castello. Ma quando, nel 1734, ne furono privati, dovettero sgombrare le varie fortezze.

 Sul nostro castello lasciarono soltanto un presidio di appena venticinque uomini. Allora i cittadini, che mal tolleravano il dominio austriaco, cercarono di snidarli dalle loro posizioni;  essi, però, chiesero aiuto ai loro connazionali, concentrati a Messina.

Quest'ultimi inviarono due feluche con granatieri da sbarco. Gli Scillesi, però, si appostarono dietro gli scogli e inflissero loro pesanti perdite.

Scacciati gli Austriaci, i scillesi si prepararono ad accogliere il novello Re, Carlo III di Borbone con preparativi eccezionali, ricordati sia dallo storico Pietro Colletta, sia dal reggino Monsignor De Lorenzo.

L'ingresso nel regno di tale Sovrano, ancor giovinetto, significava per i nostri la fine della occupazione straniera e il ripristino del legittimo Sovrano, dal quale attendevano nuovi favori.

A Guglielmo Ruffo successe il figlio Fulco Antonio.

Verso la fine del XVIII sec., Scilla subì le più gravi distruzioni, mai verificatesi prima, a causa del terremoto-maremoto del 5 febbraio 1783.

A parte le numerose vittime e la estinzione di intere famiglie, furono distrutte le costruzioni edilizie del paese, ponti, strade, comprese le stesse fortificazioni sul castello.

Il numero dei morti furono all'incirca tra i 1.450 ai 1.654, mentre i danni furono stimati in 400.000 ducati.

Durante il terremoto una parte della collina Pacì franò in mare, così come la testata del promontorio con parte del castello. La zona più colpita fu Marina Grande.

Intanto successe il feudo a Francesco Fulco Ruffo, ultimo principe di Scilla.

Il terremoto fu preludio delle gravi distruzioni che sarebbero avvenute di lì a poco, ad opera dei bombardamenti di Francesi e Inglesi che si contesero il possesso del castello, con alterne vicende, a seguito dell'impresa napoleonica.

Quando, nel 1808, la vittoria francese costrinse gli Inglesi a sgomberare il castello, i Francesi, che lo rioccuparono, ebbero cura di fortificarlo ancora maggiormente.

Una lettera del Cosenz, inviata al Compredon, precisa che occorrevano per tali lavori 3.650 ducati.

Queste fortificazioni rimasero fino a quando la restaurazione riportò al potere i sovrani Borboni.

Il maestoso castello, ricco di storia, ritornò ad essere conteso da Borboni e Garibaldini nel 1860.

Sui suoi spalti cento giovani Scillesi, male informati o traditi, che osarono scalarlo, immolarono la propria giovinezza, poiché, essendo stati scoperti, furono accolti a fucilate.